氨氮对水体的危害比其他形态的氮更复杂、更广泛、更持久。实施氨氮减排不应仅停留在氨氮浓度的减少上，要从长远考虑，把氨氮减排的效果体现在水环境质量的全面改善上。要制定和完善总氮控制标准，湖泊流域范围内要考虑氮磷综合控制，同时加强控制农业面源污染，改造城市污水管网，充分发挥已有的污染治理设施效用。 水体中适量的氮是合成藻类等微生物的基本元素，是形成水生生态环境重要的物质条件，也是水环境良性循环的基础。但目前我国一些水体中氮的总量已超过水体容量，过量的氮元素导致水体藻类等生物异常增殖，引起水质恶化。同时，氨氮和亚硝酸盐氮对鱼类等生物有毒害。由于水体中氮素的各存在方式在一定条件下会循环转化，如何控制水体中氮的污染，优先控制哪种形态的氮，就成为目前和整个“十二五”减排过程都必须面对的话题。 氨氮对水体危害更复杂、更广泛、更持久 水体中的氮素包括有机氮和无机氮，两者之和称为总氮。有机氮包括蛋白质、氨基酸、尿素、胺类化合物和硝基化合物等。无机氮包括3种主要形态，即“三氮”，包括氨态氮(NH3－N)、亚硝酸盐氮(NO2－N)和硝酸盐氮(NO3－N)。由于氨氮是氮循环的核心和首要环节，“三氮”污染的共性在氨氮的硝化和利用过程中首先得到体现。同时，由于氨氮一般要经过硝酸盐氮或亚硝酸盐氮才能转化为无害的氮气，所以后者的污染危害大部分也是由前者转化而来。 除此之外，氨氮的污染危害还有:一、给饮用水安全带来威胁。目前国内制水工艺中大部分的做法是投加氯气氧化去除氨氮，当原水中氨氮特别是NH3含量过高时，为了达到出水余氯和表面上除氨氮的效果，就需要投加过量的氯气，正常情况下通常氯气的投加量为1～2mg/L，当有NH3存在时，比如氨氮含量为2mg/L时，则需要额外投加氯气14～20mg/L。这样不仅造成大量氯气的浪费，更严重的是，投加的大量氯气和原水中的腐殖质反应，产生的挥发性三卤甲烷是致癌物质，而目前自来水厂尚无去除三卤甲烷的有效方法。另外，水体中氨氮浓度过高时水体呈碱性，会导致絮凝剂失效，无法正常产水。二、对鱼类等水体动物带来危害。养殖水域中分子氨浓度允许的最高值仅为0.1mg/L，而分子氨高于0.2～1mg/L时，就对大多数鱼类产生危害。分子氨渗进鱼体内，使鱼类的呼吸机能下降，损害神经系统，引起体表及内脏充血以致死亡。即使是低浓度的氨，长期接触也会损害鱼类的鳃组织，出现鳃小片弯曲、粘连或融合现象。三、造成富营养化，使湖泊生态系统恶性循环。由于湖泊是相对封闭的生态系统，沉积底泥量较河流大，氨氮氧化消耗溶解氧，或者藻类暴发致使水体缺氧时，均易导致底泥厌氧发酵，会再次产生氨氮，使湖泊的生态系统进入恶性循环。 从形成水体富营养化的角度来看，过量的氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮都是导致水体藻类和微生物异常增殖的重要因素。尤其是湖泊的污染，其主要污染考核指标即包括总氮。从污染物对水体的毒性来看，硝酸盐氮和亚硝酸盐氮在一定条件下对水生生物和人体有毒害作用。但比较而言，氨氮对水体的危害比其他形态的氮更复杂、更广泛、更持久。
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